訓練與就業本所的特質與宗旨，在以生物科技整合為手段，以生物科學及醫學研究為基礎，發展全面生醫科技。
因此本所的畢業同學將同時具備基礎科學智識與科技整合的眼光與執行能力。為使同學能學以致用，本所提供兩大管道作為學生就業願景，其一為『醫學臨床導向』之臨床醫療體系，其二為『產業市場導向』之生醫科技產業，其中在臨床醫療體系方面，除現有的臺北醫學大學附設醫院、台北市立萬芳醫院之外，即將設立的署立雙和醫院亦將是本所主要的就業體系。
在生醫科技產業方面，本所亦將與國內外多家知名生物科技公司合作，共同研發，期使本所同學能藉由參與實際的計畫運作，從中學習並藉此機會瞭解國內外生醫科技發展的趨勢與潮流。此外，本所之研究訓練，亦將成為選擇繼續學術進修同學之穩固基石。