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本所於95年8月成立「生醫材料暨工程研究所」,於99年2月成立產業碩士專班,並在99年8月更名為「生醫材料暨組織工程研究所」。100年5月博士專班設立通過,於100年12月第一屆博士班甄試招生。104年8月配合本校醫學工程學院成立,由口腔醫學院轉至醫工學院。目前本所專任師資共8位。